Η Πελαγία ήταν κόρη του παπά Νικηφόρου Νεγρεπόντη. Η μητέρα της ήταν από τον Τριπόταμο της Τήνου και άνηκε στην οικογένεια Φραγκούλη. Γεννήθηκε το 1752 μ.Χ. στο χωριό Κάμπο της Τήνου και το κοσμικό της όνομα ήταν Λούκια.Από διάφορα έγγραφα φαίνεται ότι είχε ακόμα τρεις αδελφές. Η οικογένειά της διακρινόταν για την αγνή πίστη και την προσήλωση στα θρησκευτικά ιδεώδη Λίγα χρόνια μετά τη γέννηση της Λουκίας ο πατέρας της πέθανε. Ήταν τότε 12 χρονών και έδειχνε σημάδια έντονης επιθυμίας να αφιερωθεί και να υπηρετήσει το θέλημα του Θεού.
